一代"伟大"的狼族大王——灰太狼大王不幸逝世一周年后，小灰灰也长大成狼了，他没有辜负父母亲灰太狼和红太狼的期望，已经长大成为一位“翩翩君子”。一直以来，小灰灰秉承着父母亲的遗愿，真真正正地做了一只货真价实的“披着狼皮的羊”。他善良、正直，为保卫羊族的安危，可谓立下了汗马功劳。他和喜羊羊成功地成为了保卫羊族安危的羊族“双强文武二将”。
可惜，好景不长，几个月后，喜羊羊却无缘无故得了一场怪病。自此以后，喜羊羊失去了原有的聪明才智，已经是“泯然众羊矣”，和普通的羊再也没有什么差别了。羊族一下子陷入了困境，因为失去了一名足智多谋的“文将”，羊族面临的危机，可想而知。
为了对外封锁有关喜羊羊的这一消息，村长慢羊羊派小灰灰和沸羊羊每夜每夜地轮流在羊村门口的站岗处值班。小灰灰和沸羊羊也不负众望，一直坚守着岗位，羊村也一直平安地生活着。
在这一段非常的时间内，村长慢羊羊一直观察者喜羊羊的病情，可惜一点进展或头绪都没有，反而更糟糕的是，喜羊羊竟然一天天地变老着。这可让羊村上下给急坏了。为了查出喜羊羊的病因，羊村几乎动员了所有能用的成员，一起翻阅历代的医书，只为能帮助喜羊羊找到病因，以便寻找治好喜羊羊的秘方。然而，慢羊羊的做法不仅没有为喜羊羊减缓病情，喜羊羊的病情反而愈加严重了。
正当羊族上下束手无策的时候，小灰灰的一句无心的话语却为羊村注入了一支强心针。
据小灰灰所言，红太狼临终前，曾告诉过小灰灰一个秘密，是灰太狼临终时托红太狼一定要告诉小灰灰的。这个秘密关乎羊族和狼族两族的命运，这也是灰太狼用自己最后的生命，为羊族和狼族所能做的最后一件事。
根据灰太狼多年来的研究所知，灰太狼一生总是和喜羊羊纠缠不清的原因，主要是因为，它和喜羊羊的性命是相连的，它们两只动物的生命关乎到羊族和狼族两族的命运。所以每次当喜羊羊及其他羊被抓时，灰太狼都会傻傻的问它们一些问题，导致了灰太狼最终一生都没有抓到过一只羊。其实，这并不是因为灰太狼他笨，他傻，而是，他知道他和喜羊羊之间的性命关乎两族的存亡，所以才不得不这样做。从他的多年的研究成果，他还得知，他会比喜羊羊先走一年。但一年后，喜羊羊将会得老年痴呆症，这是喜羊羊家族的遗传病，喜羊羊当然不能幸免遇难。并且，最糟糕的是，喜羊羊的结局也将是英年早逝，这是命中注定的。
同时，伴随着喜羊羊的去世，羊村也将会陷入恐慌和无奈中。作为羊村武将的小灰灰和沸羊羊，即使拥有再高超的武功，都不能抵挡万狼的顽强进攻。最终，羊族被灭，小灰灰也阵亡。之后，狼族因为要面对食物——羊的短缺，以及人类的大肆进攻，狼族也不堪抵挡，最终被毁灭……
听完小灰灰的讲诉后，全场一阵抽泣。
“难道，这就是命运吗？我们真的无法改变？”慢羊羊失望地叹息道。
“村长……”美羊羊泪眼汪汪地看着慢羊羊。
“村长，难道真的没办法了吗？”暖羊羊泪眼模糊地看着慢羊羊。
“哇……”懒羊羊一阵大哭大叫，“我不要死，我不要死……”
看到这个场面，慢羊羊也很无奈。突然，慢羊羊头上的那棵智慧草又生长出来了。
“有了！”慢羊羊高兴地大喊道。
众羊都将眼光投向了村长慢羊羊。
“据我了解，人类最近的研究表明，药物治疗和心理治疗同时进行，可以延缓衰老，至于喜羊羊的老年痴呆症……我却真的没办法。”
众羊晕倒。
不过听到有办法能延缓喜羊羊的衰老程度，众羊还是对村长慢羊羊支持到底的。
为了治疗喜羊羊，村长一直泡在实验室，只为研究出具有延缓衰老的羊胎素。美羊羊、懒羊羊、暖羊羊等羊村其他羊则留守阵地，帮助喜羊羊进行心理治疗，并不断地调整喜羊羊的情绪，尽量让其保持积极乐观的心态。他们希望这样能增加喜羊羊和羊狼两族的生机，避免两族真正危机的到来。
终于，皇天不负有心羊，经过慢羊羊的不懈努力，延缓衰老的抗生素——羊胎素终于研制出来了。慢羊羊不顾几天几夜没有合过眼，立刻将羊胎素拿给喜羊羊服用。
然而，尽管慢羊羊和羊村全族的羊都没有对喜羊羊放弃，但命运最终还是无情的。死神最终没有放过喜羊羊，就在羊村对喜羊羊抱着极大希望的时候，羊村一代智慧文将——喜羊羊，终于没有逃得过命运的安排，英年早逝。
喜羊羊的突然逝世，给羊村以沉重的打击。羊村顿时陷入了混乱。就在这时，灰太狼的表哥知晓了这一切，于是，狼族大肆进攻羊族。尽管羊族有小灰灰、沸羊羊等这些勇猛的武将，但因缺少像喜羊羊这样足智多谋的文将，羊族最终还是逃脱不了命运的安排，就在一片恐慌的践踏声中，羊族灭亡，小灰灰也因不堪抵抗，英勇地牺牲了。
狼族获得了前所未有的大胜利！
然而，好景不长，正当狼族沉浸在辉煌的胜利中时，因为食物的短缺和人类的大量掠杀，狼族也不堪奋战，终于在人类狰狞的目光中灭亡！
羊族和狼族的命运，最终还是应验了灰太狼临终时的遗言！
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